chemdraw – 新利18网址 //www.gsbet888.com Thu, 09 Jul 2020 02:39:29 +0000 en-US hourly 1 https://wordpress.org/?v=6.5.5 134510799 让我们学习化学结构式的标准吧!【应用篇】 //www.gsbet888.com/%e5%8c%96%e5%ad%a6%e6%9d%82%e8%ae%b0/chemtool/2020/07/%e8%ae%a9%e6%88%91%e4%bb%ac%e5%ad%a6%e4%b9%a0%e5%8c%96%e5%ad%a6%e7%bb%93%e6%9e%84%e5%bc%8f%e7%9a%84%e6%a0%87%e5%87%86%e5%90%a7%ef%bc%81%e3%80%90%e5%ba%94%e7%94%a8%e7%af%87%e3%80%91.html //www.gsbet888.com/%e5%8c%96%e5%ad%a6%e6%9d%82%e8%ae%b0/chemtool/2020/07/%e8%ae%a9%e6%88%91%e4%bb%ac%e5%ad%a6%e4%b9%a0%e5%8c%96%e5%ad%a6%e7%bb%93%e6%9e%84%e5%bc%8f%e7%9a%84%e6%a0%87%e5%87%86%e5%90%a7%ef%bc%81%e3%80%90%e5%ba%94%e7%94%a8%e7%af%87%e3%80%91.html#respond CS editor Wed, 15 Jul 2020 00:05:12 +0000 化学工具锦囊 chemdraw IUPAC 构造式 //www.gsbet888.com/?p=33616 本文来自Chem-Station日文版 化学構造式描画のスタンダードを学ぼう!【応用編】  webmaster 翻译投稿 桂圆 校对 HaoHu 在之前的【基础篇】的基础上,我们将继续为大家介绍绘制化学结构式的标准指南。 “Graphical representation standards for chemical structure diagrams (IUPAC Recommendations 2008)” Brecher, J. Pure Appl. Chem. 2008, 80, 277-410. DOI: 10.1351/pac200880020277 化学构造式的标准指南:应用篇 本篇与其说教你画的更易懂,不如把它当做一个能准确画出结构的标准。尤其是在文章里绘制化学结构式的时候,养成从头到尾检查一遍的习惯吧。 在单键末端写上缩略名称 甲基(CH3和Me)是最容易忘记的,不写的话也说得通,但是可以适当地调整一下,来避免混淆它是否是印刷排版的错误。 配位键写为一条实线 我经常看到如右图所示的箭头符号,我想还是要知道这是IUPAC不推崇使用的比较好。 在多个中心配位键的情况下,用实线标记是原则。对于离域的π电子,建议使用实线代替虚线。 环内双键写在内侧 显然,建议这样做。 两个双键夹在中间的碳元素要明显的标记出来 只有在联烯(左一)的情况下是可以用一个点来表示的,但我认为最好要养成好好书写的习惯。 注意原子标签的方向 确保将原子团中涉及的元素连接到实线。如果颠倒过来,结构式的含义将会改变,就会引起混乱和误解。就我自己来说,我就经常看到如下图的三种错误。 用更容易表达四面体前后的方式画立体构型 特别是如右图中的羟基这样的符号,第一眼很难想象它所面向的方向,是一个易于误解的典型模型。 负号使用破折号 因为简单的连字符太短,很难看清,建议使用破折号(en-dash)。 离子键不能在离子对之间画线 为了区别共价键,同时明确指出带电荷的种类,建议使用以下符号。 结束语 在本文列举了许多其他推荐和不推荐的例子,你可能会觉得“诶,连这也有研究吗?” 如果你从未听说过“易于理解且安全的结构公式”,就快速浏览一下吧。不要凭自己的审美主观,能够理解并养成按照国际标准来画结构简式的习惯是对自己有益的。 相关链接 自然化学结构指南(PDF) ACS风格指南(PDF) 本文版权属于 Chem-Station化学空间, 欢迎点击按钮分享,未经许可,谢绝转载!

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翻译投稿 桂圆 校对 HaoHu

在之前的【基础篇】的基础上,我们将继续为大家介绍绘制化学结构式的标准指南

“Graphical representation standards for chemical structure diagrams (IUPAC Recommendations 2008)”
Brecher, J. Pure Appl. Chem. 200880, 277-410. DOI: 10.1351/pac200880020277

化学构造式的标准指南:应用篇

本篇与其说教你画的更易懂,不如把它当做一个能准确画出结构的标准。尤其是在文章里绘制化学结构式的时候,养成从头到尾检查一遍的习惯吧。

在单键末端写上缩略名称

甲基(CH3和Me)是最容易忘记的,不写的话也说得通,但是可以适当地调整一下,来避免混淆它是否是印刷排版的错误。

配位键写为一条实线

我经常看到如右图所示的箭头符号,我想还是要知道这是IUPAC不推崇使用的比较好。

在多个中心配位键的情况下,用实线标记是原则。对于离域的π电子,建议使用实线代替虚线。

环内双键写在内侧

显然,建议这样做。

两个双键夹在中间的碳元素要明显的标记出来

只有在联烯(左一)的情况下是可以用一个点来表示的,但我认为最好要养成好好书写的习惯。

注意原子标签的方向

确保将原子团中涉及的元素连接到实线。如果颠倒过来,结构式的含义将会改变,就会引起混乱和误解。就我自己来说,我就经常看到如下图的三种错误。

用更容易表达四面体前后的方式画立体构型

特别是如右图中的羟基这样的符号,第一眼很难想象它所面向的方向,是一个易于误解的典型模型。

负号使用破折号

因为简单的连字符太短,很难看清,建议使用破折号(en-dash)。

离子键不能在离子对之间画线

为了区别共价键,同时明确指出带电荷的种类,建议使用以下符号。

结束语

在本文列举了许多其他推荐和不推荐的例子,你可能会觉得“诶,连这也有研究吗?” 如果你从未听说过“易于理解且安全的结构公式”,就快速浏览一下吧。不要凭自己的审美主观,能够理解并养成按照国际标准来画结构简式的习惯是对自己有益的。

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让我们学习化学结构式的标准吧!【基本篇】 //www.gsbet888.com/%e5%8c%96%e5%ad%a6%e6%9d%82%e8%ae%b0/chemtool/2020/06/%e8%ae%a9%e6%88%91%e4%bb%ac%e5%ad%a6%e4%b9%a0%e5%8c%96%e5%ad%a6%e7%bb%93%e6%9e%84%e5%bc%8f%e7%9a%84%e6%a0%87%e5%87%86%e5%90%a7%ef%bc%81%e3%80%90%e5%9f%ba%e6%9c%ac%e7%af%87%e3%80%91.html //www.gsbet888.com/%e5%8c%96%e5%ad%a6%e6%9d%82%e8%ae%b0/chemtool/2020/06/%e8%ae%a9%e6%88%91%e4%bb%ac%e5%ad%a6%e4%b9%a0%e5%8c%96%e5%ad%a6%e7%bb%93%e6%9e%84%e5%bc%8f%e7%9a%84%e6%a0%87%e5%87%86%e5%90%a7%ef%bc%81%e3%80%90%e5%9f%ba%e6%9c%ac%e7%af%87%e3%80%91.html#respond CS editor Tue, 30 Jun 2020 00:02:23 +0000 化学工具锦囊 chemdraw IUPAC 构造式 //www.gsbet888.com/?p=33198 本文来自Chem-Station日文版  化学構造式描画のスタンダードを学ぼう!【基本編】  webmaster 翻译投稿 桂圆 校对 HaoHu 化学结构式的第一要义是在将分子的信息传达给阅读分子信息的人(或计算机)而不会引起误解。 但是,大家也希望化学式编写的工整好看。 即使是一个苯环,只要它“化学方程式上没有错误”的话,也可以在开头尽可能的把它描述的好看。因为即使从美学方面来看,它也包含一些明显丑丑的符号吧? 通过这种方式,我们化学家可以研究出像星星数量一样多的结构式,并且讨论它是“好的”还是“不好的”。 但是,在没有任何标准的情况下随意的命名构造化学式,可能会变得奇怪。 为了让化学式构造进行的顺利,IUPAC提出了可使用的化学结构图标准指南。外面有很多小朋友都不知道呢。这次,我想简单介绍一下关于化学结构式的内容。 “Graphical representation standards for chemical structure diagrams (IUPAC Recommendations 2008)” Brecher, J. Pure Appl. Chem. 2008, 80, 277-410. DOI: 10.1351/pac200880020277 构造化学式的标准:三大基本原则 在绘制结构式之前,我说以下几个注意点。 看起来是理所当然正常的,但是其实有很多例子还没有硬性规定。 不仅适用于已开始学习化学的学生,还适用于不习惯编写有机化合物图的专家。 1. 弄清你的读者是谁,尽可能简单地绘制出广大读者所见的图表。 2. 避免使用模糊不清的绘图样式。 3. 使绘图样式一致。 最重要的是,(1)结识读者。 C&EN / Nature / Science中绘制的结构公式没有必要和专业期刊相同。 另外,(2)灵活使用上下文对于避免歧义是很重要的。一个简单的图表虽然减少了信息量,但是对上下文的灵活应用,会使之更容易地识别这里代表的唯一含义。 (3)一致性就不用再特别提及了吧? 格式不一致那别提多丑了。 编写化学结构式的标准:基本篇 IUPAC指南非常宽泛,此处不能一一列举了。 另外,可能是因为是为广大读者准备的,所以会感觉有和没有的范围稍微有些宽泛了。 所以,为了让初学者不会感到迷惑,在本文中,我将具有严格标准的基本内容和作者独特的见解汇合并介绍给大家。 除非有特殊原因,不然我会选择只遵循红色的方针,使这个图变得清晰明了。 精通所有图的制作方法之后,开始制作精细的图谱也为时不晚。 1. 选择字形 印刷用的话,就用8-14pt的sans serif字体(Helvetica,Arial)吧。 不建议使用其他字体。 理由很明确,因为它最容易看到。 至于风格不一样就另说了, 幻灯片,网络海报的话,需要较大的字体。 2. 线的粗度 印刷用的话,用比0.5pt(0.18mm)更粗的线吧。比这更细的线很难被看到。而幻灯片,网络海报就需要更粗的线了。 3. 颜色 如果在白纸上画图,可以选择黑色(黑色背景就选白色)。可以为要强调的部分上色,但原则上使用红色。 与低对比度的颜色(深蓝色,棕色等)相比,强调重点容易会让这部分更加显眼一些(考虑会有到色弱的读者,避免在用红色和绿色强调组合是无可非议的)。 让我们也统一一下强调规则吧。 如果不遵守惯例的话,就会觉得很奇怪了。在分子模型中还使用了氧气=红色,氮气=蓝色,硫=黄色,氯=绿色等,因此可以遵循它们。 4. 图片的大小 显然,在纸张介质的情况下,有必要将其写成适合页面大小的图形。 对于灵活的图,应考虑良好的联合布置,以使整个图不会变得太小。 幻灯片,网页和海报需要更大的数字,因此需要做更多的工作。 为了减小尺寸并避免结构出现重叠而放不下,建议使用合适的缩写来代替。 5. 图片的朝向 由于它与化学结构式的含义没什么关系,因此基本上可以用任何方式编写它,我觉得如果用30°的步长旋转它,获得常见且稳重的图形。 还有,原则是使长轴向水平方向延伸。 但是,在Fischer投影类型的情况下,因为方向与3D信息相关联,所以必须要书写正确。 下次我们继续【应用篇】。 *该图是从第一篇论文引用并修改的。 相关链接 自然化学结构指南(PDF) ACS风格指南(PDF) 本文版权属于 Chem-Station化学空间, 欢迎点击按钮分享,未经许可,谢绝转载!

本文来自Chem-Station日文版  化学構造式描画のスタンダードを学ぼう!【基本編】  webmaster

翻译投稿 桂圆 校对 HaoHu

化学结构式的第一要义是在将分子的信息传达给阅读分子信息的人(或计算机)而不会引起误解。 但是,大家也希望化学式编写的工整好看。 即使是一个苯环,只要它“化学方程式上没有错误”的话,也可以在开头尽可能的把它描述的好看。因为即使从美学方面来看,它也包含一些明显丑丑的符号吧?

通过这种方式,我们化学家可以研究出像星星数量一样多的结构式,并且讨论它是“好的”还是“不好的”。 但是,在没有任何标准的情况下随意的命名构造化学式,可能会变得奇怪。

为了让化学式构造进行的顺利,IUPAC提出了可使用的化学结构图标准指南。外面有很多小朋友都不知道呢。这次,我想简单介绍一下关于化学结构式的内容。

“Graphical representation standards for chemical structure diagrams (IUPAC Recommendations 2008)”
Brecher, J. Pure Appl. Chem. 200880, 277-410. DOI: 10.1351/pac200880020277

构造化学式的标准:三大基本原则

在绘制结构式之前,我说以下几个注意点。 看起来是理所当然正常的,但是其实有很多例子还没有硬性规定。 不仅适用于已开始学习化学的学生,还适用于不习惯编写有机化合物图的专家。

  • 1. 弄清你的读者是谁,尽可能简单地绘制出广大读者所见的图表。
  • 2. 避免使用模糊不清的绘图样式。
  • 3. 使绘图样式一致。

最重要的是,(1)结识读者。 C&EN / Nature / Science中绘制的结构公式没有必要和专业期刊相同。

另外,(2)灵活使用上下文对于避免歧义是很重要的。一个简单的图表虽然减少了信息量,但是对上下文的灵活应用,会使之更容易地识别这里代表的唯一含义。

(3)一致性就不用再特别提及了吧? 格式不一致那别提多丑了。

编写化学结构式的标准:基本篇

IUPAC指南非常宽泛,此处不能一一列举了。 另外,可能是因为是为广大读者准备的,所以会感觉有和没有的范围稍微有些宽泛了。

所以,为了让初学者不会感到迷惑,在本文中,我将具有严格标准的基本内容和作者独特的见解汇合并介绍给大家。 除非有特殊原因,不然我会选择只遵循红色的方针,使这个图变得清晰明了。 精通所有图的制作方法之后,开始制作精细的图谱也为时不晚。

1. 选择字形

印刷用的话,就用8-14pt的sans serif字体(Helvetica,Arial)吧。 不建议使用其他字体。 理由很明确,因为它最容易看到。 至于风格不一样就另说了, 幻灯片,网络海报的话,需要较大的字体。

2. 线的粗度

印刷用的话,用比0.5pt(0.18mm)更粗的线吧。比这更细的线很难被看到。而幻灯片,网络海报就需要更粗的线了。

3. 颜色

如果在白纸上画图,可以选择黑色(黑色背景就选白色)。可以为要强调的部分上色,但原则上使用红色。 与低对比度的颜色(深蓝色,棕色等)相比,强调重点容易会让这部分更加显眼一些(考虑会有到色弱的读者,避免在用红色和绿色强调组合是无可非议的)。 让我们也统一一下强调规则吧。

如果不遵守惯例的话,就会觉得很奇怪了。在分子模型中还使用了氧气=红色,氮气=蓝色,硫=黄色,氯=绿色等,因此可以遵循它们。

4. 图片的大小

显然,在纸张介质的情况下,有必要将其写成适合页面大小的图形。 对于灵活的图,应考虑良好的联合布置,以使整个图不会变得太小。 幻灯片,网页和海报需要更大的数字,因此需要做更多的工作。

为了减小尺寸并避免结构出现重叠而放不下,建议使用合适的缩写来代替

5. 图片的朝向

由于它与化学结构式的含义没什么关系,因此基本上可以用任何方式编写它,我觉得如果用30°的步长旋转它,获得常见且稳重的图形。

还有,原则是使长轴向水平方向延伸

但是,在Fischer投影类型的情况下,因为方向与3D信息相关联,所以必须要书写正确。

下次我们继续【应用篇】。

*该图是从第一篇论文引用并修改的。

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本文来自Chem-Station日文版 複雑な試薬のChemDrawテンプレートを作ってみた   cosine

翻译投稿 炸鸡 校对 HaoHu

你们的实验室里都是怎么计算药品的分子量的呢?。。。是网上搜索该化合物的CAS登录号呢?还是用ChemDraw把化合物结构式画出来呢

笔者是做催化剂开发研究的,虽然每次课题都差不多,但是经常需要画一些大同小异的金属络合物和光催化剂。偏偏在这种情况下,对象结构会变得很复杂,所以每次画结构都会变成一个很漫长的过程……。而且悲伤的是每次画的时候还错误层出。

于是我灵光一现,总结了经常要用的合成所需试剂的ChemDraw结构模板。

使用方法

这次提供的模板如下所示。

Boronic Acids:各类硼酸酯类化合物的基本骨架。

Buchwald Ligands:当我开交叉耦合反应时,我常常纠结:“这个结构是什么磷配体来着?”

Chiral Ligand (N):常用的氮不对称配体。

Chiral Ligand (P)常用的磷不对称配体。

Metal Catalysts:对合成有用的金属催化剂。具有催化剂循环模板。

Organocatalysts:对合成有用的有机分子催化剂。

Photoredox Catalysts:常用的可见光氧化还原催化剂。

如有需要,因此点击下面的链接下载ZIP文件。↓

Templates.zip

操作方法见下。

首先用ChemDraw打开压缩文件中的模板文件(*.ctp)。然后点击文件选择另存为。用自己喜欢的文件名命名并以ctp格式保存在ChemDraw Items文件夹中。

这样的话就可以在模板中找到它们了。

自制结构式模板的方法

意外的挺多人不清楚怎么自己创建结构式的模板 ,这里做下简要说明。

  1. 单击菜单,文件→打开模板(Open Templates),单击模板图标选择新建模板(New Templates。之后就有了创建模板的界面。
  2. 画好想要的结构式。虽然不用在意线条的长短,但因为字体类型会反映出来,所以要结合平时所用的格式。
  3. 如果模板化合物有多种组成部分或由结构简式表达,可能无法将它们与其他一般的文本区分开来,要注意用不同的文件名命名。化学成分用“Formula”图标进行备注
  4. 像上面说过的那样选择另存为,选择自己喜欢的文件名存放在ChemDraw Items文件夹中。

其实可以作为模板的不仅仅包括化合物的结构式。你可以自己添加上你喜欢的图片,也可以把照片贴上去。(注意图片版权!)。尽情发挥让自己的化学之旅更加方便吧!

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ChemDraw 的使用方法【作图篇⑤: 反应机理 (后篇)】 //www.gsbet888.com/%e5%8c%96%e5%ad%a6%e6%9d%82%e8%ae%b0/2018/03/chemdraw-%e7%9a%84%e4%bd%bf%e7%94%a8%e6%96%b9%e6%b3%95%e3%80%90%e4%bd%9c%e5%9b%be%e7%af%87%e2%91%a4-%e5%8f%8d%e5%ba%94%e6%9c%ba%e7%90%86-%e5%90%8e%e7%af%87%e3%80%91.html //www.gsbet888.com/%e5%8c%96%e5%ad%a6%e6%9d%82%e8%ae%b0/2018/03/chemdraw-%e7%9a%84%e4%bd%bf%e7%94%a8%e6%96%b9%e6%b3%95%e3%80%90%e4%bd%9c%e5%9b%be%e7%af%87%e2%91%a4-%e5%8f%8d%e5%ba%94%e6%9c%ba%e7%90%86-%e5%90%8e%e7%af%87%e3%80%91.html#respond LuWenjie Thu, 08 Mar 2018 22:28:48 +0000 化学工具锦囊 化学部落~~格格 chemdraw //www.gsbet888.com/?p=18205 上一次小编介绍了ChemDraw的使用方法【作图篇④ : 反应机理(前篇)】、讲了下ChemDraw 上画反应机理时候的常用箭头的画法与一些细节,在今天这个后篇中,小编想介绍下升级版,贝塞尔曲线的画法。 关联记事 ChemDraw的使用方法【基本功能篇】 ChemDraw的使用方法【作图篇① : 反应Scheme】 ChemDraw的使用方法【作图篇② : 催化循环】 ChemDraw的使用方法【作图篇③ : 表】 ChemDraw的使用方法【作图篇④ : 反应机理(前篇)】 轻松画出结构式的诀窍!?技能介绍篇 让你的分子更漂亮!-如何画出梦幻般的3D分子? 用贝塞尔曲线作的箭头 上一回的记事中最后也提到了下图所示的贝塞尔曲线,让我们通过下图回顾一下。 S 字型的曲线箭头、用在[1,2] 重排反应中,能够非常直观,简介明白的表示基团的移动。へ字型的曲线箭头,常用在箭头延伸有一段距离的时候。虽然工具箱中提供的弯曲箭头也能起到相同的作用,但へ型的的箭头由于不对称,相比于看惯了的工具栏中的对称箭头来说看上去比较特别。最后?字型的曲线箭头,对于用作指定某个原子的时候非常实用。?字顶部的钩状部分用于表示亲核攻击的原子,并且字符下半部分的电弧引导电子流向亲电体。   介绍完了贝塞尔曲线的优点,接下来,介绍下到底怎么画。 贝塞尔曲线的构成 贝塞尔曲线由锚点,与连接这些锚点的切线组成。锚点为指定曲线通过位置的点。首先点击的是起点,最后一点是终点。中间的点为简单的经过点。切线就是连接各个锚点的曲线。通过调整切线,可以调整曲线的朝向与强度(曲度)。当切线较短时,它会变成一条平缓的曲线,而当拉长时,变成一条绷紧的曲线。 怎么画贝塞尔曲线 要怎么画描述起来还是比较困难,有不明白之处请见谅,小编建议读者可以自己一边尝试画一下。首先调出 ChemDraw 中的贝塞尔曲线的工具栏(下图所示)。贝塞尔曲线是钢笔工具栏中的一个。 首先尝试画一个波浪线。在Chemdraw的纸面上,点击一下,就能画出一个起始锚点。这时候,点击的左键别离开,保持点击状态,往想延伸的方向拖动的话,就可以得到相对于起点锚点的切线。接下来,如果点击想要曲线通过的路径上的一点,就会出现一条临时曲线。通过拖动调节,就能得到下图3的波浪式的曲线。 需要注意的是,拖动后延长的曲线,也只是切线。而曲线想要通过一定的路径,就需要添加锚点。所以说,可以先预测好曲线需要通过的地方,在那设定好锚点,最后通过拖拉来调节贝塞尔曲线的形状就可以。锚点在3点以上的情况,重复上述操作即可。 目前,按照上述方法得到一条波浪曲线。接下来,可以按照下图4中所示,通过拖拉一侧的锚点或者切线,可以进行微调整,调节出所需形状。在得到所需区先后,点击工具栏右上端图标,结束pen工具绘图。 这样画的曲线仅仅是曲线而已,少了个箭头。加箭头有个很简单的方法,在曲线上右击,选择menu中的Arrow  、点击下Full Arrow at End 就能给曲线加加上箭头。然后调整好 箭头的种类 这里稍微脱轨下,介绍下箭头的种类。Half Arrow 、表示的是单 電子移动。Half Arrow 分为「at Left」与「at Right」。 另一方面、Full Arrow at Start 月 Full Arrow at End 可以同时表示缩合反应等的电子来回移动箭头。这些箭头加上贝塞尔曲线的搭配,可以使得反应机理画的特别漂亮。 箭头的种类 用贝塞尔曲线画曲线箭头 在本文章的开头已经介绍了,如何将贝塞尔曲线用到反应机理时候,画贝塞尔曲线的注意点-锚点与切线的画法。在[1,2] 重排中需要用到的 S 型箭头的时候、大致上将锚点与切线画成一个平行四边形即可。具体参考下图所示。 在画へ字型的贝塞尔曲线、在起点的锚点不要拖动、调节在终点锚点上的切线即可。如果在起点锚点指定切线方向的话,画出来的指向右侧羰基的曲线就非常不自然,很僵硬。 画? 字型曲线的时候、定位锚点设置为想要通过的原子附近的经过点。然后绘制一个、「ハ」字形的终点锚点的切线。稍微注意一下可以看到下图所示的两个八字形切线延伸出去的话能形成一个四角形的一个角。 当然,仅仅靠小编这篇文章有可能不能画的随心所欲。还是需要读者自身多练习,就能画出自己的风格!   本文版权属于 Chem-Station化学空间, 欢迎点击按钮分享,未经许可,谢绝转载!  

上一次小编介绍了ChemDraw的使用方法【作图篇④ : 反应机理(前篇)】、讲了下ChemDraw 上画反应机理时候的常用箭头的画法与一些细节,在今天这个后篇中,小编想介绍下升级版,贝塞尔曲线的画法。

关联记事

用贝塞尔曲线作的箭头

上一回的记事中最后也提到了下图所示的贝塞尔曲线,让我们通过下图回顾一下。

S 字型的曲线箭头、用在[1,2] 重排反应中,能够非常直观,简介明白的表示基团的移动。へ字型的曲线箭头,常用在箭头延伸有一段距离的时候。虽然工具箱中提供的弯曲箭头也能起到相同的作用,但へ型的的箭头由于不对称,相比于看惯了的工具栏中的对称箭头来说看上去比较特别。最后?字型的曲线箭头,对于用作指定某个原子的时候非常实用。?字顶部的钩状部分用于表示亲核攻击的原子,并且字符下半部分的电弧引导电子流向亲电体。

 

介绍完了贝塞尔曲线的优点,接下来,介绍下到底怎么画。

贝塞尔曲线的构成

贝塞尔曲线由锚点,与连接这些锚点的切线组成。锚点为指定曲线通过位置的点。首先点击的是起点,最后一点是终点。中间的点为简单的经过点。切线就是连接各个锚点的曲线。通过调整切线,可以调整曲线的朝向与强度(曲度)。当切线较短时,它会变成一条平缓的曲线,而当拉长时,变成一条绷紧的曲线。

怎么画贝塞尔曲线

要怎么画描述起来还是比较困难,有不明白之处请见谅,小编建议读者可以自己一边尝试画一下。首先调出 ChemDraw 中的贝塞尔曲线的工具栏(下图所示)。贝塞尔曲线是钢笔工具栏中的一个。

首先尝试画一个波浪线。在Chemdraw的纸面上,点击一下,就能画出一个起始锚点。这时候,点击的左键别离开,保持点击状态,往想延伸的方向拖动的话,就可以得到相对于起点锚点的切线。接下来,如果点击想要曲线通过的路径上的一点,就会出现一条临时曲线。通过拖动调节,就能得到下图3的波浪式的曲线。

需要注意的是,拖动后延长的曲线,也只是切线。而曲线想要通过一定的路径,就需要添加锚点。所以说,可以先预测好曲线需要通过的地方,在那设定好锚点,最后通过拖拉来调节贝塞尔曲线的形状就可以。锚点在3点以上的情况,重复上述操作即可。

目前,按照上述方法得到一条波浪曲线。接下来,可以按照下图4中所示,通过拖拉一侧的锚点或者切线,可以进行微调整,调节出所需形状。在得到所需区先后,点击工具栏右上端图标,结束pen工具绘图。

这样画的曲线仅仅是曲线而已,少了个箭头。加箭头有个很简单的方法,在曲线上右击,选择menu中的Arrow  、点击下Full Arrow at End 就能给曲线加加上箭头。然后调整好

箭头的种类

这里稍微脱轨下,介绍下箭头的种类。Half Arrow 、表示的是单 電子移动。Half Arrow 分为「at Left」与「at Right」。 另一方面、Full Arrow at Start 月 Full Arrow at End 可以同时表示缩合反应等的电子来回移动箭头。这些箭头加上贝塞尔曲线的搭配,可以使得反应机理画的特别漂亮。

箭头的种类

用贝塞尔曲线画曲线箭头

在本文章的开头已经介绍了,如何将贝塞尔曲线用到反应机理时候,画贝塞尔曲线的注意点-锚点与切线的画法。在[1,2] 重排中需要用到的 S 型箭头的时候、大致上将锚点与切线画成一个平行四边形即可。具体参考下图所示。

在画へ字型的贝塞尔曲线、在起点的锚点不要拖动、调节在终点锚点上的切线即可。如果在起点锚点指定切线方向的话,画出来的指向右侧羰基的曲线就非常不自然,很僵硬。

画? 字型曲线的时候、定位锚点设置为想要通过的原子附近的经过点。然后绘制一个、「ハ」字形的终点锚点的切线。稍微注意一下可以看到下图所示的两个八字形切线延伸出去的话能形成一个四角形的一个角。

当然,仅仅靠小编这篇文章有可能不能画的随心所欲。还是需要读者自身多练习,就能画出自己的风格!

 

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David A. Evans //www.gsbet888.com/chemists/2017/08/david-a-evans.html //www.gsbet888.com/chemists/2017/08/david-a-evans.html#respond Peng Li Tue, 29 Aug 2017 22:44:47 +0000 世界著名化学家 chemdraw Evans-Aldol Reaction 全合成 美国化学家 //www.gsbet888.com/?p=15534 本文投稿作者 alberto-caeiro David A. Evans,美国有机化学家,现为哈佛大学教授。现代有机全合成界泰斗级人物,许多合成化学家出自其门下。(照片:实验室主页)   经历 1963 奥伯林大学(Oberlin College)B. S.; 1967 加州理工学院(California Institute of Technology)Ph. D.; 1967-1972 加州大学洛杉矶分校 助教; 1972-1974 加州大学洛杉矶分校 副教授 1974 加州大学洛杉矶分校 教授 1974-1983 加州理工学院 教授 1983-1990 哈佛大学 教授 1990-2008 哈佛大学名誉教授(Abbott and James Lawrence Professor of Chemistry) 1995-1998 哈佛大学化学系主任   获奖经历 1971 Camille and Henry Dreyfus Teacher-Scholar Award 1972 Alfred P. Sloan Foundation Fellow 1973 Distinguished Teaching Award, UCLA Alumni Association 1982 ACS Award for Creative Work in Synthetic Organic Chemistry 1983 M.A., Honorary, Harvard University, Cambridge, MA 1984 Allen R. Day Award, Philadelphia Organic Chemists Club, Philadelphia, PA 1984 Elected to National Academy of Sciences 1988 Arthur C. Cope Scholar Award, American Chemical Society 1988 American Academy […]

本文投稿作者 alberto-caeiro

David A. Evans,美国有机化学家,现为哈佛大学教授。现代有机全合成界泰斗级人物,许多合成化学家出自其门下。(照片:实验室主页

 

经历

  • 1963 奥伯林大学(Oberlin College)B. S.;
  • 1967 加州理工学院(California Institute of Technology)Ph. D.;
  • 1967-1972 加州大学洛杉矶分校 助教;
  • 1972-1974 加州大学洛杉矶分校 副教授
  • 1974 加州大学洛杉矶分校 教授
  • 1974-1983 加州理工学院 教授
  • 1983-1990 哈佛大学 教授
  • 1990-2008 哈佛大学名誉教授(Abbott and James Lawrence Professor of Chemistry)
  • 1995-1998 哈佛大学化学系主任

 

获奖经历

  • 1971 Camille and Henry Dreyfus Teacher-Scholar Award
  • 1972 Alfred P. Sloan Foundation Fellow
  • 1973 Distinguished Teaching Award, UCLA Alumni Association
  • 1982 ACS Award for Creative Work in Synthetic Organic Chemistry
  • 1983 M.A., Honorary, Harvard University, Cambridge, MA
  • 1984 Allen R. Day Award, Philadelphia Organic Chemists Club, Philadelphia, PA
  • 1984 Elected to National Academy of Sciences
  • 1988 Arthur C. Cope Scholar Award, American Chemical Society
  • 1988 American Academy of Arts and Sciences
  • 1992 C. S. Hamilton Award, University of Nebraska
  • 1992 Mack Award, Ohio State University
  • 1992 Fellow, American Association for the Advancement of Science
  • 1992 Pfizer Research Award for Synthetic Organic Chemistry, Pfizer, Inc.
  • 1996 Remsen Award, Maryland Section, American Chemical Society
  • 1997 Yamada Prize, University of Tokyo, Japan
  • 1998 Tetrahedron Prize
  • 1998 Robert Robinson Award from the Royal Society of Chemistry, UK
  • 1999 The Prelog Medal, ETH, Zurich Switzerland
  • 2000 Arthur C. Cope Award, American Chemical Society
  • 2001 Elected to The Royal Society of Chemistry
  • 2002 California Institute of Technology, Distinguished Alumni Award
  • 2003 The Nagoya Medal, Nagoya University, Japan
  • 2003 Karl Ziegler Prize, Max Planck, Muelheim, Germany
  • 2005 Willard Gibbs Medal, Chicago Section of the American Chemical Society
  • 2006 Ryoji Noyori Prize, Society of Synthetic Organic Chemistry, Japan
  • 2006 Thomson Scientific Laureate in Chemistry, Thomson Scientific
  • 2006 Glenn T. Seaborg Medal, awarded by the University of California, Los Angeles
  • 2007 Herbert C. Brown Award for Creative Research in Synthetic Methods, sponsored by the American Chemical Society
  • 2007 Phi Beta Kappa Teaching Prize for Contributions to Undergraduate Education 2008      Elected Fellow of the Royal Society of Chemistry, UK
  • 2008 Humboldt Research Award for Senior Scientists, the Alexander von Humboldt Foundation
  • 2008 Elected Fellow of the Royal Society of Chemistry, UK
  • 2010 ACS Award for Creativity in Molecular Design and Synthesis
  • 2012 Welch Prize in Chemistry, awarded by the Welch Foundation
  • 2013 Roger Adams Award

 

研究概要

新型反应的开发及复杂天然产物的全合成

Evans教授最有名的人名反应当属Evans-Aldol Reaction[1](mechanismfrom Strategic Applicationsof Named Reactions inOrganic Synthesis),图1。通过使用从氨基酸得到的手性噁唑烷酮辅基,可以得到顺式的aldol产物。这种条件下的aldol反应可靠性高,可以运用到大量反应中,并且立体化学容易预测,因此,在许多复杂天然产物的合成中都有良好的运用。Evans-Aldol反应和不对称烯丙基硼化反应一起,在链式化合物的合成与立体结构的控制中,仍然被经常使用着。

图1:Evans-Aldol Reaction

通过自己组开发的方法学,David A. Evans教授完成了许多复杂天然产物的全合成,下图仅为部分全合成工作。

图2:David A. Evans部分全合成工作

 

评论&其他

  • David A. Evans教授是美国有机合成界当之无愧的大牛之一,培养了许多优秀的有机化学家,在美国的有机合成化学领域大多数化学家就有属于分属Corey派和Evans派之说。
  • David A. Evans教授还是现今有机化学中使用最为广泛的软件——ChemDraw的开发者之一[2]

 

相关文献

  1. (a) Evans, D. A.; Vogel, E.; Nelson, J. V. J. Am. Chem. Soc. 1979, 101, 6120. DOI:10.1021/ja00514a045.; (b) Evans, D. A.; Bartroli, J.; Shih, T. L. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 2127. DOI: 10.1021/ja00398a058.; (c) Evans, D. A. Aldrichimica Acta 1982, 15, 23.; (d) Recent Review: Heravi, M. M.; Zadsirjan, V. Tetrahedron: Asymmetry 2013, 24, 1149.;
  2. Evans, D. A. Angew. Chem. Int. Ed. 2014, 53, 11140. DOI: 10.1002/anie.201405820

 

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ChemDraw的使用方法【作图篇④:钢笔工具的妙用】 //www.gsbet888.com/%e5%8c%96%e5%ad%a6%e6%9d%82%e8%ae%b0/chemtool/2017/04/chemdraw%e7%9a%84%e4%bd%bf%e7%94%a8%e6%96%b9%e6%b3%95%e3%80%90%e4%bd%9c%e5%9b%be%e7%af%87%e2%91%a3%ef%bc%9a%e9%92%a2%e7%ac%94%e5%b7%a5%e5%85%b7%e7%9a%84%e5%a6%99%e7%94%a8%e3%80%91.html //www.gsbet888.com/%e5%8c%96%e5%ad%a6%e6%9d%82%e8%ae%b0/chemtool/2017/04/chemdraw%e7%9a%84%e4%bd%bf%e7%94%a8%e6%96%b9%e6%b3%95%e3%80%90%e4%bd%9c%e5%9b%be%e7%af%87%e2%91%a3%ef%bc%9a%e9%92%a2%e7%ac%94%e5%b7%a5%e5%85%b7%e7%9a%84%e5%a6%99%e7%94%a8%e3%80%91.html#respond Hongliang SHI Fri, 21 Apr 2017 00:29:32 +0000 化学工具锦囊 chemdraw 分子式填充 钢笔工具 //www.gsbet888.com/?p=13814   S型箭头的绘制 在绘制机理时总会遇到各种各样的箭头,但是Chemdraw中自带的箭头只能绘出C型箭头,遇到这种情况只能诉诸于钢笔钢笔工具了。Chemdraw中的钢笔工具用法类似于PS中的钢笔工具,使用起来比较简单。 基本原理就是:控制线段形态(方向、距离)的并不是线段本身,而是线段中的各个点的位置。那些点称为“锚点”(anchor),锚点间的线段称为“片断”(segment)。控制好这些锚点就能画好一切线段。 ①选择,绘制锚点,如下图: ②将鼠标指针放到任意锚点至手心的十字消失,拖动鼠标,出现两端点; ③继续以上操作可以得到第二段曲线,以此类推; ④绘制结束后,可按Esc或者单击另一工具退出曲线绘制; ⑤填加直形箭头,组合(Ctrl+G)即可。 封闭环系的填充 对于某个环系的强调,可以在其内部填充颜色,但是Chemdraw并没有直接给出填充环系内部的工具,所以需要我们用钢笔工具进一步修饰而来。 ①首先,画出结构式; ②用钢笔工具沿着需要强调的环状结构作封闭曲线(也可以单个环系进行逐一绘制); ③点击,选中刚刚绘制的曲线,修改颜色,并设置图层先后顺序(Object-Send to back); ④选择填充样式(Curves-Shaded/Faded) 本文版权属于 Chem-Station化学空间, 欢迎点击按钮分享,未经许可,谢绝转载!

 

  1. S型箭头的绘制

在绘制机理时总会遇到各种各样的箭头,但是Chemdraw中自带的箭头只能绘出C型箭头,遇到这种情况只能诉诸于钢笔钢笔工具了。Chemdraw中的钢笔工具用法类似于PS中的钢笔工具,使用起来比较简单。

基本原理就是:控制线段形态(方向、距离)的并不是线段本身,而是线段中的各个点的位置。那些点称为“锚点”(anchor),锚点间的线段称为“片断”(segment)。控制好这些锚点就能画好一切线段。

①选择,绘制锚点,如下图:

②将鼠标指针放到任意锚点至手心的十字消失,拖动鼠标,出现两端点;

③继续以上操作可以得到第二段曲线,以此类推;

④绘制结束后,可按Esc或者单击另一工具退出曲线绘制;

⑤填加直形箭头,组合(Ctrl+G)即可。

  1. 封闭环系的填充

对于某个环系的强调,可以在其内部填充颜色,但是Chemdraw并没有直接给出填充环系内部的工具,所以需要我们用钢笔工具进一步修饰而来。

①首先,画出结构式;

②用钢笔工具沿着需要强调的环状结构作封闭曲线(也可以单个环系进行逐一绘制);

③点击,选中刚刚绘制的曲线,修改颜色,并设置图层先后顺序(Object-Send to back);

④选择填充样式(Curves-Shaded/Faded)

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ChemDraw的使用方法【作图篇③:表】 //www.gsbet888.com/%e5%8c%96%e5%ad%a6%e6%9d%82%e8%ae%b0/chemtool/2015/05/post-4991.html LuWenjie Fri, 22 May 2015 05:57:49 +0000 化学工具锦囊 chemdraw 作图 对齐 表格 //www.gsbet888.com/?p=4991 到目前为止,本网站介绍了Chemdraw相关的基本功能、实例①:反应Scheme、实例②:催化循环的编辑使用方法。 这次,让我们一起来看一下怎么用ChemDraw来绘制比较漂亮的『表(Table)』。   经常出现的问题:行列对不齐 为了让读者能够清晰地判断,在这边给出了对照实验一样的两个表格。 当然,最开始的话可能不可能画好一个表格,这个也都是理解的,特别是对经验比较浅的本科生或硕士生。那么怎样能够画好表格呢,请关注一下下图所示的作图实例。表格中所示的各种信息都是比较完备的,但是乍一看,总觉得看着不是特别舒服。 初学者经常出现的问题一般都发生在文本框「改行」的时候。这边为了方便让大家看清,给出了下图一个小例子 如上图左边所示,当你在文本框该行的时候,直接用enter键确实是特别可行的,而且排列的也特别整齐。但是当你的文本里有上标・下标等文字修饰的时候,对于word等文本框来说是没问题的,而Chemdraw确比较特殊,一旦附有上下标,就会发生上图右侧所示那种原本行对齐的变得错开了,十分不美观。而且有些人会单纯通过改变字体大小来调整,但是往往对齐还是十分困难。   解决法与实例 其实解决以上问题的方法十分简单。以上这些表格中的信息,全部分开利用单独的文本框编辑输入,然后把它们分别进行对齐即可。 在这个时候『Ctrl+Shift+拖动』快捷键就大展身手。这个快捷键通过拖动可以复制并且进行水平垂直对齐的拖动,十分便利。那么接下来我们就具体讲一下怎么画一个漂亮的表格。   ①首先我们把表格框画好。 通过上述快捷键画好用于表格的边框线,横幅・间隔的话后续可以调整,所以刚开始的时候大概觉得OK就行。 ②接下来在第一行输入文本数据。 如开头所述,为了接下来不受到上下标影响对齐,每个文本框请分别输入,这个点比较关键,如果你还是编辑在一个文本框通过空格键进行调节的话,那就NG了。而对齐所画文本框的话,选中后通过右键点击在『Align』进行排列即可,当然对于横对齐也有一个快捷键,这个一般是大神级别的人才知道的(哈哈),这边就一并分享下『Ctrl+Shift+Alt+M』。 ③对第一行文本框进行复制粘贴。 『Shift+左键』全选后、还是刚刚的『Ctrl+Shift+拖动』进行纵向复制拖动。间隔的话可以自行调整,大差不差就行。 ④对各行的数据进行再编辑。 上标/下标的添加处理也一并完成。由于每个文本框都是分离的,这时候它的优点就体现出来了,调整起来十分方便,并且对于其他的项目也不会有影响。 ⑤各项通过ALIGN功能进行排列。 左/中央/右对齐三种、根据自己喜好,或者美观程度自行调整。要选择多个文本框的话还是利用『Shift + 左键』功能。 ⑥文本框位置的微调与修饰。 这个的话大多都是个人喜好了,这边也稍微讲解一下。 例如entry栏中的2a,可以稍微向右移动下突出a这个主要的上标,另外由于这栏的条件是最佳条件,可以添上醒目的颜色。comment栏的话问题不大,稍微有点过于往右,可以略微往左侧移动下。这样的话,中间yield栏也相应的微调下即可。 这边虽然大致根据个人喜好进行调整,但是对于经验丰富的人来说,可以调整的地方还是会有很多,会做的更精致美观。作为初学者的话,可以多参考别人的实例,觉得好的点可以记住在以后的绘图中应用。 当然完成后可以询问下老师或者师兄师姐们的意见,这样的话,下一次你作出来的图可能就有不一样的感觉哦。   ⑦微调后就大功告成啦! 当然对于研究,不是仅仅看外观!真材实料是最重要的!・・・持有这种意见的人肯定也有,但是就我来说,我觉得这只是没法画出美图的借口而已。 假设基于相同程度的研究成果,对于美观的图或看上去歪歪扭扭的图,那我想一般的都会觉得图画的更好的人做的工作才是更完美的吧。对于前沿研究的人员来说,科研一般都做得十分给力,以这一点优势胜出的人也不在少数。所以,在做好科研的同时,能够画好图,也是一种能力的体现。   本文版权属于 Chem-Station化学空间, 欢迎点击按钮分享,未经许可,谢绝转载!

到目前为止,本网站介绍了Chemdraw相关的基本功能实例①:反应Scheme实例②:催化循环的编辑使用方法。

这次,让我们一起来看一下怎么用ChemDraw来绘制比较漂亮的『表(Table)』

 

经常出现的问题:行列对不齐

为了让读者能够清晰地判断,在这边给出了对照实验一样的两个表格。

当然,最开始的话可能不可能画好一个表格,这个也都是理解的,特别是对经验比较浅的本科生或硕士生。那么怎样能够画好表格呢,请关注一下下图所示的作图实例。表格中所示的各种信息都是比较完备的,但是乍一看,总觉得看着不是特别舒服。

無題

初学者经常出现的问题一般都发生在文本框「改行」的时候。这边为了方便让大家看清,给出了下图一个小例子

無題

如上图左边所示,当你在文本框该行的时候,直接用enter键确实是特别可行的,而且排列的也特别整齐。但是当你的文本里有上标・下标等文字修饰的时候,对于word等文本框来说是没问题的,而Chemdraw确比较特殊,一旦附有上下标,就会发生上图右侧所示那种原本行对齐的变得错开了,十分不美观。而且有些人会单纯通过改变字体大小来调整,但是往往对齐还是十分困难。

 

解决法与实例

其实解决以上问题的方法十分简单。以上这些表格中的信息,全部分开利用单独的文本框编辑输入,然后把它们分别进行对齐即可。

在这个时候『Ctrl+Shift+拖动』快捷键就大展身手。这个快捷键通过拖动可以复制并且进行水平垂直对齐的拖动,十分便利。那么接下来我们就具体讲一下怎么画一个漂亮的表格。

 

①首先我们把表格框画好。

通过上述快捷键画好用于表格的边框线,横幅・间隔的话后续可以调整,所以刚开始的时候大概觉得OK就行。

無題

②接下来在第一行输入文本数据。

如开头所述,为了接下来不受到上下标影响对齐,每个文本框请分别输入,这个点比较关键,如果你还是编辑在一个文本框通过空格键进行调节的话,那就NG了。而对齐所画文本框的话,选中后通过右键点击在『Align』进行排列即可,当然对于横对齐也有一个快捷键,这个一般是大神级别的人才知道的(哈哈),这边就一并分享下『Ctrl+Shift+Alt+M』

無題

③对第一行文本框进行复制粘贴。

『Shift+左键』全选后、还是刚刚的『Ctrl+Shift+拖动』进行纵向复制拖动。间隔的话可以自行调整,大差不差就行。

無題

④对各行的数据进行再编辑。

上标/下标的添加处理也一并完成。由于每个文本框都是分离的,这时候它的优点就体现出来了,调整起来十分方便,并且对于其他的项目也不会有影响。

ChemDraw_HowTo_37

⑤各项通过ALIGN功能进行排列。

左/中央/右对齐三种、根据自己喜好,或者美观程度自行调整。要选择多个文本框的话还是利用『Shift + 左键』功能。

無題

⑥文本框位置的微调与修饰。

这个的话大多都是个人喜好了,这边也稍微讲解一下。

例如entry栏中的2a,可以稍微向右移动下突出a这个主要的上标,另外由于这栏的条件是最佳条件,可以添上醒目的颜色。comment栏的话问题不大,稍微有点过于往右,可以略微往左侧移动下。这样的话,中间yield栏也相应的微调下即可。

無題

这边虽然大致根据个人喜好进行调整,但是对于经验丰富的人来说,可以调整的地方还是会有很多,会做的更精致美观。作为初学者的话,可以多参考别人的实例,觉得好的点可以记住在以后的绘图中应用。

当然完成后可以询问下老师或者师兄师姐们的意见,这样的话,下一次你作出来的图可能就有不一样的感觉哦。

 

⑦微调后就大功告成啦!

ChemDraw_HowTo_31

当然对于研究,不是仅仅看外观!真材实料是最重要的!・・・持有这种意见的人肯定也有,但是就我来说,我觉得这只是没法画出美图的借口而已。

假设基于相同程度的研究成果,对于美观的图或看上去歪歪扭扭的图,那我想一般的都会觉得图画的更好的人做的工作才是更完美的吧。对于前沿研究的人员来说,科研一般都做得十分给力,以这一点优势胜出的人也不在少数。所以,在做好科研的同时,能够画好图,也是一种能力的体现。

 

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ChemDraw的使用方法【作图篇②:催化循环】 //www.gsbet888.com/%e5%8c%96%e5%ad%a6%e6%9d%82%e8%ae%b0/chemtool/2015/03/post-4161.html LuWenjie Fri, 20 Mar 2015 03:49:44 +0000 化学工具锦囊 chemdraw 催化 循环 //www.gsbet888.com/?p=4161 概要 上回作图篇①介绍了利用Chemdraw来画反应Scheme。 这一次,我们稍微更进一步,以Heck反应(下图)为例子介绍一下催化循环的作图方法。   ①绘制催化循环必用工具栏-箭头工具栏 一般选用3/4圆周的箭头,直径的大小可以按照自己喜好调整。   ②复制粘贴得到必要的箭头个数。 在Heck催化循环中,画有四个结构式(=连接这几个结构式也就需要4个圆形箭头),所以复制粘贴Ctrl+C→Ctrl+V刚开始画的那个箭头,一个成四个。这边的话为了方便大家看的明白,所以右图中的箭头进行了拖动处理,实际上复制粘贴后也有可能是与原来的箭头完全的覆盖重叠在一起,这一点大家注意一下。   ③通过拖动圆周箭头的头与尾进行调整。 新版本的ChemDraw的话,我们可以通过拖动圆周箭头的头或尾部沿着同心圆的方向随意调整圆周箭头的长短以及头尾的位置。这个功能十分实用,请大家务必试试看。   ④各在每个箭头之间的间隙画上对应的化学结构式。 小窍门:当你想复制粘贴画好的结构式的时候,其实利用Ctrl+左键拖动更加方便。当画好下图的循环式的后,如果箭头跟结构式有重叠的地方的话,可以按照③种所介绍的方法,通过拖动箭头头或尾部进行微调。   如下图中的三个结构式中蓝色部分所示,当我们想调整L2Pd的位置的时候,选择这个部分,右击、Alignment→Flush Left 表示左对齐,entered就是中间对齐、Flush Right那就是右对齐。   ⑤添加外侧所需箭头与试剂种类(黑色箭头部分)。   ⑥在化学式上添加一些助于理解的颜色,大功告成! 最后的话为了便于理解,也为了更加鲜明,通常我们会在特殊的原子上着色。这个在先前也介绍过,只需要在menu项中的Colors里面选取自己所喜好的颜色,添加即可。   在进行编辑绘图的时候,我们最好尽量记住一些快捷键,这样的话就会减少我们所需时间。如果有兴趣的同学的话,可以关注一下。那么这三篇关于chemdraw的文章就介绍到这里了。   本文版权属于 Chem-Station化学空间, 欢迎点击按钮分享,未经许可,谢绝转载!
  • 概要

上回作图篇①介绍了利用Chemdraw来画反应Scheme。

这一次,我们稍微更进一步,以Heck反应(下图)为例子介绍一下催化循环的作图方法。

ChemDraw_HowTo_27

 

①绘制催化循环必用工具栏-箭头工具栏

一般选用3/4圆周的箭头,直径的大小可以按照自己喜好调整。

1

 

②复制粘贴得到必要的箭头个数。

在Heck催化循环中,画有四个结构式(=连接这几个结构式也就需要4个圆形箭头),所以复制粘贴Ctrl+C→Ctrl+V刚开始画的那个箭头,一个成四个。这边的话为了方便大家看的明白,所以右图中的箭头进行了拖动处理,实际上复制粘贴后也有可能是与原来的箭头完全的覆盖重叠在一起,这一点大家注意一下。

ChemDraw_HowTo_22

 

③通过拖动圆周箭头的头与尾进行调整。

新版本的ChemDraw的话,我们可以通过拖动圆周箭头的头或尾部沿着同心圆的方向随意调整圆周箭头的长短以及头尾的位置。这个功能十分实用,请大家务必试试看。

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④各在每个箭头之间的间隙画上对应的化学结构式。

小窍门:当你想复制粘贴画好的结构式的时候,其实利用Ctrl+左键拖动更加方便。当画好下图的循环式的后,如果箭头跟结构式有重叠的地方的话,可以按照③种所介绍的方法,通过拖动箭头头或尾部进行微调。

ChemDraw_HowTo_24

 

如下图中的三个结构式中蓝色部分所示,当我们想调整L2Pd的位置的时候,选择这个部分,右击、Alignment→Flush Left 表示左对齐,entered就是中间对齐、Flush Right那就是右对齐。

ChemDraw_HowTo_25

 

⑤添加外侧所需箭头与试剂种类(黑色箭头部分)。

ChemDraw_HowTo_261

 

⑥在化学式上添加一些助于理解的颜色,大功告成!

最后的话为了便于理解,也为了更加鲜明,通常我们会在特殊的原子上着色。这个在先前也介绍过,只需要在menu项中的Colors里面选取自己所喜好的颜色,添加即可。

ChemDraw_HowTo_27 (1)

 

在进行编辑绘图的时候,我们最好尽量记住一些快捷键,这样的话就会减少我们所需时间。如果有兴趣的同学的话,可以关注一下。那么这三篇关于chemdraw的文章就介绍到这里了。

 

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ChemDraw的使用方法【作图篇①:反应Scheme】 //www.gsbet888.com/%e5%8c%96%e5%ad%a6%e6%9d%82%e8%ae%b0/chemtool/2015/03/post-4101.html LuWenjie Tue, 17 Mar 2015 01:26:07 +0000 化学工具锦囊 chemdraw 作图 //www.gsbet888.com/?p=4101 上回我们介绍了ChemDraw的一些菜单及其菜单下的各种功能用法。 接下来我们就具体到实例来一起看看怎么把这些功能组合在一起使用。可能由于版本的差异,或许会有所不同,笔者所用的是Version.13.   这次我们以下图所示反应(L-薄荷醇的合成反应)作为例子、来简要叙述下其画法。 ① 使用工具栏中的绘图工具条进行绘制原料化合物。 在我们画双键以上的多重结合键的时候,要用到下图所示的多键绘图工具栏。当然在画三键的时候,可以在单键的基础上连续画三次,或者把鼠标移到单键上,按下数字3即可。另外双键的样式也有三种形式(下图右侧所示),只需要在最初画好的双键上左键点击就能调整出自己想要的双键样式。 ② 画好原料后,复制粘贴,并且在中间用箭头把两个原料化合物连接起来。 选择已画化合物有两种方法、①鼠标左键双击化合物 ②用套锁或矩形工具圈住选定化合物。要同时选取多个化合物的话,按住shift键进行前述操作即可。在选取好对象后,在进行复制→粘贴工作,复制粘贴的话当然可以直接用快捷键Ctrl+C→Ctrl+V完成啦。 ③ 修正反应后的结构。 ④ 重复同样的操作。 ⑤ 整齐排列多个化合物。 要对其一列的化合物的话,首先全选这个scheme,然后在选择好的状态下右击→Align→T/B center(下图所示)。 在水平线上对齐后,如果要调整化合物与箭头之间的间距的话,也有一个办法,右击→Distribute→Holizontally即可(下图所示)。 ⑥ 最后通过文本编辑在箭头上标记上反应条件。 另外我们画好的所有的分子式的输出形式一般都会被默认为是文本形式。所以如果要把它们与文本区分开,设定成分子式模式输出的话还有一个必须的步骤-全选所有分子式,然后再Text→Style→Formula进行设定,就完成了! 对于以上所述,都能理解么?下一回我们准备再介绍一些更复杂的作图方法。   本文版权属于 Chem-Station化学空间, 欢迎点击按钮分享,未经许可,谢绝转载!

上回我们介绍了ChemDraw的一些菜单及其菜单下的各种功能用法。

接下来我们就具体到实例来一起看看怎么把这些功能组合在一起使用。可能由于版本的差异,或许会有所不同,笔者所用的是Version.13.

 

这次我们以下图所示反应(L-薄荷醇的合成反应)作为例子、来简要叙述下其画法。

ChemDraw_HowTo_12

① 使用工具栏中的绘图工具条进行绘制原料化合物。

在我们画双键以上的多重结合键的时候,要用到下图所示的多键绘图工具栏。当然在画三键的时候,可以在单键的基础上连续画三次,或者把鼠标移到单键上,按下数字3即可。另外双键的样式也有三种形式(下图右侧所示),只需要在最初画好的双键上左键点击就能调整出自己想要的双键样式。

1

② 画好原料后,复制粘贴,并且在中间用箭头把两个原料化合物连接起来。

选择已画化合物有两种方法、①鼠标左键双击化合物 ②用套锁或矩形工具圈住选定化合物。要同时选取多个化合物的话,按住shift键进行前述操作即可。在选取好对象后,在进行复制→粘贴工作,复制粘贴的话当然可以直接用快捷键Ctrl+C→Ctrl+V完成啦。

2

③ 修正反应后的结构。

ChemDraw_HowTo_151

④ 重复同样的操作。

ChemDraw_HowTo_16

⑤ 整齐排列多个化合物。

要对其一列的化合物的话,首先全选这个scheme,然后在选择好的状态下右击→Align→T/B center(下图所示)。

ChemDraw_HowTo_17

在水平线上对齐后,如果要调整化合物与箭头之间的间距的话,也有一个办法,右击→Distribute→Holizontally即可(下图所示)。

ChemDraw_HowTo_18

⑥ 最后通过文本编辑在箭头上标记上反应条件。

ChemDraw_HowTo_19

另外我们画好的所有的分子式的输出形式一般都会被默认为是文本形式。所以如果要把它们与文本区分开,设定成分子式模式输出的话还有一个必须的步骤-全选所有分子式,然后再Text→Style→Formula进行设定,就完成了!

ChemDraw_HowTo_20

对于以上所述,都能理解么?下一回我们准备再介绍一些更复杂的作图方法。

 

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ChemDraw的使用方法 【基本功能篇】 //www.gsbet888.com/%e5%8c%96%e5%ad%a6%e6%9d%82%e8%ae%b0/chemtool/2015/03/post-4045.html LuWenjie Sat, 14 Mar 2015 07:58:09 +0000 化学工具锦囊 chemdraw 功能 //www.gsbet888.com/?p=4045 ChemDraw 是一款学化学的人基本都知晓的画结构式的软件,现已更名为ChemBioDraw 这是一款对于我们研究化学的人来说不可缺少的软件之一,但是能够完整使用它所有动能的人,我想应该很少吧?当然,笔者也是其中之一。 所以,也为了自我学习,就写了一下这篇文章。当然,这篇文章可能无法完全涵盖chemdraw所有的功能,这点也请大家见谅(^_^;)。   前言 有了ChemDraw,我们就能准确的画出标题图这么好看的结构式。但是chemdraw不是免费使用的,要买正规版还是需要花点钱。虽然在中国,大家都用破解版,笔者在这里还是推荐大家尊重知识产权,能够尽量花钱买正版。如果你只是一个大学生,为了写一下作业的话,有两款免费的软件推荐,它们是MarvinSketch和ChemSketch。当然,如果是专门的研究人员,或者硕士博士的话,还是建议买一个完整版。 笔者现在用的是ver.13。本文主要以这款进行说明探讨(2015年1月开始ChemDraw的最新版本是ver.14)。如果仅仅是画一些结构式的话,版本的更新之间的差异不是特别大。 接下来在这里主要介绍一些使用频率比较高的菜单。   ①FILE 菜单 File菜单打开的话,除了保存等功能以外,也可以对页面进行一些设定。 Open Style Sheets : 因为默认的样式表画出来的结构式并不是很漂亮,所以首先选择你想投的杂志所对应的结构式。初学者的话一般推荐ACS格式。具体的在后面会介绍 Document Setting :可以进行包括结构式的各种样式的设定。 →Layout : 在布局方面,经常在画到一半的时候,页面空余不够了。这个时候我们就可以点击Document Size→Height・Width把操作页面扩展后,确保有足够的空间供我们作图。 →Drawing  : 在真正画图的时候经常需要调整的地方我想应该是化学键的长宽间距等等(Bonds), 下图给出了可以更改的具体的一些项目以及其代表的含义。 →Text Caption、Atom Labels : 该选项用于更改字体的大小。图通的文本设置在Caption里,原子大小设定请用Label选项。 →Colors : 当然背景色跟图的颜色肯定也是可以修改的,但是笔者建议白黑搭配显得更加清晰简洁,当然各有所好。 Apply Document Setting From :  如果你想使用其他的样式设定的时候所使用的选项。 点开选择最上方的other选项的话,可以选择你自己以前设定使用过的样式。这样一来,就可以方便的把用于powerpoint、poster、word各种文件的区分开来,是特别简便的一项功能。   ② EDIT 菜单 该菜单主要用于复制、修改与一些图片等等的插入。当然其中还涵盖了ChemDraw自带的一些功能。 Copy as :  把分子结构式转换成SMILE文字序列或者SLN文字(下图所示)序列,可以把这些文字复制到剪贴板用于复制粘贴。 Paste Special : 与Copy as相反、把文字列转换成分子结构式。   Get 3D Model : 把平面结构式转换成三维模型。转换出来的模型双击后可以用Chem3D进行再次编辑。 Insert File : 用于插入外部的一些图像文件,是十分有用的一个选项。   ③ VIEWS 菜单 用于切换各种工具窗口的开/关。 Show Crosshair & Rulers : 显示十字线、标尺。主要便于调整化合物的位置。 Show Main、General、Style Toolbar : 这三项在画结构式的时候很有用,一般都需要点开显示出来。 Show Analysis、Chemical Properties : 当画完化学结构时候,用于预测化学物理性质等数据(分子mol量,分子质量分布,沸点等等)。该选项一般是必用项目。 Show Character Map : 当需要使用希腊字母等特殊文字的时候使用的选项。当然Symbol字体也可以代用,但是在这里点开的话更加一览无余,更方便查找插入。 Show Chemical Warnings : 在画结构式时可以检查出你的原子价态是否出现问题,一旦出现问题,它会自动以红色标出提醒。 Actual Size, Fit to Window, Magnify, Reduce : 调整画面表示的倍率。 Actual Size表示100%的倍率。Fit to Window就如字面意思一样,调整到契合窗口大小。Magnify是扩大。Reduce就是缩小的意思。   ④ OBJECT 菜单 该菜单用于多个化合物之间的位置关系的调整,以及化合物的一些修饰美化等。 Fixed Lengths & Angles : 指定并且统一化合物键的线长,以及结合角度。基本上都是默认的已选项目,不需要刻意去选择好。 Show Stereochemistry : 显示表示立体化学的参数(R, S, E, Z)。可以根据个人喜好设定。 Align, Distribute : 对所画的多个化学结构式,反应式进行排列,对其。该选项尤其在做成Table或Scheme的时候特别有用。 Add Frames : 在图上添加各种框架。 Group, Ungroup : 把多个对象化合物编成一个group,也就是把自己指定的化合物全选的功能。Ungroup相对的就是解除全选。 Join : […]

ChemDraw 是一款学化学的人基本都知晓的画结构式的软件,现已更名为ChemBioDraw

这是一款对于我们研究化学的人来说不可缺少的软件之一,但是能够完整使用它所有动能的人,我想应该很少吧?当然,笔者也是其中之一。

所以,也为了自我学习,就写了一下这篇文章。当然,这篇文章可能无法完全涵盖chemdraw所有的功能,这点也请大家见谅(^_^;)。

 

前言

有了ChemDraw,我们就能准确的画出标题图这么好看的结构式。但是chemdraw不是免费使用的,要买正规版还是需要花点钱。虽然在中国,大家都用破解版,笔者在这里还是推荐大家尊重知识产权,能够尽量花钱买正版。如果你只是一个大学生,为了写一下作业的话,有两款免费的软件推荐,它们是MarvinSketchChemSketch当然,如果是专门的研究人员,或者硕士博士的话,还是建议买一个完整版。

笔者现在用的是ver.13。本文主要以这款进行说明探讨(2015年1月开始ChemDraw的最新版本是ver.14)。如果仅仅是画一些结构式的话,版本的更新之间的差异不是特别大。

接下来在这里主要介绍一些使用频率比较高的菜单。

ChemDraw_HowTo_6

 

①FILE 菜单

File菜单打开的话,除了保存等功能以外,也可以对页面进行一些设定。

Open Style Sheets : 因为默认的样式表画出来的结构式并不是很漂亮,所以首先选择你想投的杂志所对应的结构式。初学者的话一般推荐ACS格式。具体的在后面会介绍

Document Setting :可以进行包括结构式的各种样式的设定。

→Layout : 在布局方面,经常在画到一半的时候,页面空余不够了。这个时候我们就可以点击Document Size→Height・Width把操作页面扩展后,确保有足够的空间供我们作图。

2

→Drawing  : 在真正画图的时候经常需要调整的地方我想应该是化学键的长宽间距等等(Bonds), 下图给出了可以更改的具体的一些项目以及其代表的含义。

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→Text Caption、Atom Labels : 该选项用于更改字体的大小。图通的文本设置在Caption里,原子大小设定请用Label选项。

→Colors : 当然背景色跟图的颜色肯定也是可以修改的,但是笔者建议白黑搭配显得更加清晰简洁,当然各有所好。

Apply Document Setting From :  如果你想使用其他的样式设定的时候所使用的选项。 点开选择最上方的other选项的话,可以选择你自己以前设定使用过的样式。这样一来,就可以方便的把用于powerpoint、poster、word各种文件的区分开来,是特别简便的一项功能。

 

② EDIT 菜单

该菜单主要用于复制、修改与一些图片等等的插入。当然其中还涵盖了ChemDraw自带的一些功能。

Copy as :  把分子结构式转换成SMILE文字序列或者SLN文字(下图所示)序列,可以把这些文字复制到剪贴板用于复制粘贴。

Paste Special : 与Copy as相反、把文字列转换成分子结构式。

ChemDraw_HowTo_5

 

Get 3D Model : 把平面结构式转换成三维模型。转换出来的模型双击后可以用Chem3D进行再次编辑。

Insert File : 用于插入外部的一些图像文件,是十分有用的一个选项。

 

③ VIEWS 菜单

用于切换各种工具窗口的开/关。

Show Crosshair & Rulers : 显示十字线、标尺。主要便于调整化合物的位置。

Show Main、General、Style Toolbar : 这三项在画结构式的时候很有用,一般都需要点开显示出来。

Show Analysis、Chemical Properties : 当画完化学结构时候,用于预测化学物理性质等数据(分子mol量,分子质量分布,沸点等等)。该选项一般是必用项目。

Show Character Map : 当需要使用希腊字母等特殊文字的时候使用的选项。当然Symbol字体也可以代用,但是在这里点开的话更加一览无余,更方便查找插入。

ChemDraw_HowTo_8

Show Chemical Warnings : 在画结构式时可以检查出你的原子价态是否出现问题,一旦出现问题,它会自动以红色标出提醒。

Actual Size, Fit to Window, Magnify, Reduce : 调整画面表示的倍率。 Actual Size表示100%的倍率。Fit to Window就如字面意思一样,调整到契合窗口大小。Magnify是扩大。Reduce就是缩小的意思。

 

④ OBJECT 菜单

该菜单用于多个化合物之间的位置关系的调整,以及化合物的一些修饰美化等。

Fixed Lengths & Angles : 指定并且统一化合物键的线长,以及结合角度。基本上都是默认的已选项目,不需要刻意去选择好。

Show Stereochemistry : 显示表示立体化学的参数(R, S, E, Z)。可以根据个人喜好设定。

Align, Distribute : 对所画的多个化学结构式,反应式进行排列,对其。该选项尤其在做成TableScheme的时候特别有用。

Add Frames : 在图上添加各种框架。

ChemDraw_HowTo_71

Group, Ungroup : 把多个对象化合物编成一个group,也就是把自己指定的化合物全选的功能。Ungroup相对的就是解除全选。

Join : 选定两个化合物各自的一个化学键,使这两个化学键自动成键的功能。下图给出了具体的例子。当你写一个连续反应式的时候,该功能十分实用。

ChemDraw_HowTo_91

 

Bring to Front, Send to Back : 调整两个重叠的化合物之间的前后关系的功能。一个个通过菜单来设定的话挺麻烦的,请记住他们的快捷键(Windows的话是F2, F3),这样效率就会大大提高。

Frip, Rotate, Scale : 依次是图形的反转,反转与扩大缩小。Horizontal表示左右方向的、Vertical表示上下方向的。这是一个十分有用的功能。

 

⑤ STRUCTURE 菜单

针对画好的结构式为对象的一些操作。

Check Structure : 检查所画分子是否正确。

Clean Up Structure : 以Document Settings Drawing指定的键长,结合角度等为基准自动帮你调整。其中有时只调整分子中的一些基团。

Expand Label :把缩写的取代基以完整的结构表示出来。

Contract Label : 与Expand Label相反、将一些基团转换成其缩写模式。

ChemDraw_HowTo_10

Add Multi-Center Attachment : 用于表示部分结构式交叠共轭时的结构。如下图第一例所示的Cp环π-烯丙基种

Add Variable Attachment : 这个选项用来表示拥有多个同分异构体的化学结构,如下图第二例所示。

ChemDraw_HowTo_11

 

Predict 1H-NMR Shifts, 13C-NMR Shifts : 预测所画化学结构式的氢谱跟碳谱。

Convert Name to Structure, Convert Structure to Name : 由化学名自动给出相应化学结构,或者已知化学结构自动给出其命名。

 

其他比如Text、Curves、Colors、Help等菜单选项,就如同字面意思一样,比较容易理解,功能也没那么多,这里就不多做介绍了。

下回,我们会详细介绍具体的作图实例

 

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